嘉慶元年（1796年），湖北省荊州、襄陽爆發了白蓮教農民起義，規模浩大，得快蔓延到南方各省，前后歷經九年，才被清朝廷鎮壓下去。為此清朝廷耗用軍費二億兩白銀，相當于四年財政收入的總和。嘉慶元年，清朝廷派兵對湖北的白蓮教農民起義進行鎮壓，軍隊的軍需錢糧委派湖北省安襄鄖荊道道員胡齊侖負責管理。胡齊侖自負責管理軍需錢糧以后，任意侵貪、克扣，致使領取軍響的清軍官兵多有怨言。于是兩湖總督景府對胡齊侖經管的軍費收支進行了審計清查。經過審訊得實：胡齊侖在嘉慶元年至二年間，掌管湖北省軍需錢糧，在發放湖北襄陽軍隊的軍餉時，每發一百兩軍餉，扣除戶部在撥款時已少撥的四兩“短平”銀外，又報請當時的湖廣總督畢沅批準再扣除四兩，以備支付按規定不準報銷的款項，此外胡齊侖還利用職權私自加扣二兩。如此三扣兩扣，每發一百兩軍餉，官兵們實得九十兩。胡齊侖經手發放的襄陽軍隊的軍餉一百四十余萬兩，他私自扣留二萬九千兩，饋送給各營將軍、督撫們花用，其中僅送給一名叫永保的領兵大員就達六千兩。

　　接到審案官關干胡齊侖一案的審訊結論報告，嘉慶帝為此特發上諭，嚴厲痛斥貪污軍餉的行為，他說：自鎮壓白蓮教以來，至今已有四年了，所耗用的款項達七千萬兩之多。白蓮教起自湖北，而清軍的行賄饋送之風也起自于湖北。前任兩湖總督畢沅，公然將軍需錢糧，任由胡齊侖一人經理，恣意侵扣，實為罪魁禍首，畢沅現已去世，倘若他還活著，我將立即把他處死，以正國法。即便如此，畢沅死后，家產還是遭到藉沒，全部充公。也就是《清史稿·畢沅傳》所寫的那樣：“（嘉慶）四年，追論沅教匪初起失察貽誤，濫用軍需幣項，奪世職，籍其家。”

　　相較《清史稿》，《清史列傳》的內容的記載則更為詳細。嘉慶四年九月，嘉慶帝發布上諭稱：“迄今匪徒蔓延，皆由畢沅于教匪起事之初，辦理不善，其罪甚重。昨又據倭什布查奏胡齊侖經手動用軍需底帳，畢沅提用銀兩及饋送領兵各大員銀數最多。畢沅既經貽誤地方，復將軍需帑項任意濫支，結交饋送，執法營私，莫此為甚。倘畢沅尚在，必當重治其罪。今雖已身故，豈可復令其子孫仍在官職？”故將其作官的兒子就地免職。至十月，“追產入官”。

　　關于這一點，梁啟超曾以同情的口吻寫道：“獨軍旅非所長，且馭下太寬，未免蒙蔽，卒坐是被累，身后遭籍沒，論者惜之。”其實，畢沅遠非一個潔身自好者。乾隆末年，當時他為湖廣總督，福寧為湖北巡撫，陳淮為湖北布政使，這三人即官官相護，千方百計婪索民財。當地百姓形容他們三人說：“畢如蝙蝠，身不動搖，惟吸所過蟲蟻；福如狼虎，雖人不免；陳如鼠蠹，鉆穴蝕物，人不知之。” （昭連：《嘯亭雜錄》卷一O《湖北謠》）

　　還有一個記載可以對畢沅的人品做一個補充。錢泳《履園叢話》載，和珅當權時，“欲令天下督撫皆欲奔走其門以為快，而（畢沅）先生淡然置之”。但到和珅四十歲生日時，“自宰相而下皆有幣帛賀之”，畢沅也坐不住了，賦詩十首，“并檢書畫銅瓷數物為公相壽”。錢泳問他：“公將此詩入《冰山錄》中耶？”畢沅“默然，乃大悟，終其身不交和相”。錢泳所說的《冰山錄》當是《天水冰山錄》，明朝權相嚴嵩被革職，他的被查抄沒收的全部財產，登在《天水冰山錄》中，換言之，那是一份贓物的詳細清單。錢泳的意思很明白，他已經預見了日后和珅的倒臺，于是給畢氏一個忠告；畢氏接受了，遂保持了氣節。

　　可惜，這只是錢氏的一家之言。清人陳康祺早就指出：“秋帆（畢沅）制府愛古憐才，人所共仰，其交和珅，懾于權勢，未能泥而不滓，亦人所共知。”畢秋帆死后被抄家，也和卷入和珅貪污案有莫大關系。在陳康祺看來，作為“畢氏客”的錢泳，對這件事不要提就算了，“惟欲以拒絕權門，歸功于一言之諫沮，其然，豈其然乎？”欲蓋彌彰，倒是弄巧成拙了。