魏忠賢在三十歲那年又造《百官圖》，污蔑清廉的官員，甚至再唆使同黨刑科給事中傅櫆劾汪文言、左光斗及魏大中，給這三人冠上莫須有的罪名，說(shuō)他們“招權(quán)納賄”，更說(shuō)左、魏兩人“丑心險(xiǎn)，色取行違，自命為血性男子，實(shí)為匪類(lèi)”。魏忠賢更矯旨責(zé)怪：“魏大中互訐未悛，不得赴新任”玩弄言官于股掌之中。楊漣等人彈劾魏忠賢，不僅使其原形畢露，也使依附其下的干兒義孫們大為恐慌，為了惜恩邀寵，于是天啟五年三、四月間，眾人籌謀獻(xiàn)策，倡興大獄。誣陷楊漣等六君子，接受熊廷弼的賄賂，判定楊漣左光斗各坐贓二萬(wàn)，魏大中三千。魏大中被捕之時(shí)，鄉(xiāng)人號(hào)送者近萬(wàn)人。
魏大中被捕之時(shí)，魏學(xué)洢泣血號(hào)呼，想隨牢車(chē)北上。他不聽(tīng)從父親勸阻，改換姓名、容貌，秘密地在后跟隨緹騎，沿途打聽(tīng)父親的起居。抵達(dá)北京后，白天藏匿在客店之中，晝伏夜出，四處求救，但父執(zhí)輩之人有的拒不相見(jiàn)，有的則對(duì)他仰天長(zhǎng)嘆，相對(duì)而泣，無(wú)可奈何而已。魏學(xué)洢雖然也想上書(shū)以己代父，但未能如愿。魏忠賢又矯旨下令，對(duì)六人“嚴(yán)刑追贓比較，五日一回奏”，于是獄卒鞭笞拷掠，棍棒交加，臀血流離，骨肉俱腐。魏大中被誣接受熊廷弼等人賄賂，亦為欲加之罪。最后竟被誣陷坐贓而死。死之時(shí)溽暑殷雷，相驗(yàn)領(lǐng)埋之旨，遲遲不下，過(guò)了六七天才差官發(fā)尸，和楊漣、左光斗等三人尸體由牢穴中拖出，骸脹而黑，肌生蛆蚋，潰爛零落，幾難以辨認(rèn)，那年魏大中五十一歲。魏學(xué)洢領(lǐng)了父親的尸體，匍匐扶襯歸鄉(xiāng)，日夜伏草啼號(hào)。魏大中雖死，但追贓的行動(dòng)并未停止，因此魏學(xué)洢被下浙江監(jiān)獄。
魏學(xué)洢在家庭遭此大變，對(duì)當(dāng)時(shí)政治的黑暗痛心疾首，因此也視死如歸。果真在這同一年，魏學(xué)洢也因病而死，死時(shí)才二十九歲。崇禎初，魏忠賢失勢(shì)。魏學(xué)洢之弟魏學(xué)濂瀝血上書(shū)，陳述父受冤獄，兄死孝之慘狀。又上書(shū)彈劾阮大鉞等人交通逆閹，罪大惡極。不久，魏大中被追謚為忠節(jié)，魏學(xué)洢也被下詔旌表為孝子。
